财务科设有财务室、住院收费处、门诊收费处、南校区门诊收费处，负责相关的医疗收支的财务工作。
1、财务室负责全校享受公费医疗人员的医疗费财务报账工作；负责办理外转住院的离休人员预付医疗费的借款工作；大学生医疗保险财务报账工作；医院内部财务收支管理工作。
2、医院门诊收费处、南校区门诊收费处负责门诊医疗收费工作；陕西省职工医疗保险门诊结算工作；西安市职工医疗保险的门诊结算和西安市居民（大学生）医疗保险的门诊结算工作；医院门诊收费处还负责非正常门诊时间的办理入院手续的工作。
3、住院收费处负责办理入院手续；出院医疗费用结算；陕西省职工医疗保险住院结算，西安市职工和居民医保住院医疗结算工作。
